Das Behandlungshonorar orientiert sich nur grob an der Gebührenordnung für Heilpraktiker (GebüH) aus dem Jahr 1985. Die Honorare der GebüH stellen Mittelwerte der Heilpraktikerleistungen zur damaligen Zeit dar, honorieren aber keinesfalls die aktuellen Qualitätskriterien heilpraktischer Leistungen in der heutigen Zeit und sind außerdem für Heilpraktiker nicht bindend. 

Die gesetzlichen Krankenkassen in Deutschland übernehmen Honorare für eine Heilpraktiker-Behandlung derzeit noch nicht. Es besteht jedoch für den Versicherten die Möglichkeit, eine Zusatzversicherung für naturheilkundliche Heilmethoden abzuschließen. Ferner werden heilpraktische Leistungen von privaten Krankenversicherungen entsprechend den vereinbarten Tarifen erstattet. Auch Beamte mit Anspruch auf Beihilfe können die Kosten bei ihrer Versicherung einreichen.

Der Behandlungsvertrag besteht zwischen Naturheilpraxis und Patient, d. h. unabhängig davon, ob die Krankenkasse des Patienten das Praxishonorar erstattet oder nicht, ist der Rechnungsbetrag zu 100% in bar nach der Behandlung an die Naturheilpraxis für die erbrachte Leistung zu entrichten.